A atual Paróquia de Nossa Senhora das Mercês ocupa a Igreja do antigo Convento de Nossa Senhora de Jesus da Ordem Terceira de São Francisco, cuja edificação foi iniciada em 1582.
Apesar da construção original remontar ao século XVI, a Igreja foi alvo de diversas campanhas de obras. Assim, no seu interior conserva-se um conjunto arquitetónico e de artes decorativas do século XVII e inícios do XVIII, embora alguns dos seus elementos — nomeadamente a fachada monumental — datem do pós-terramoto, obras impulsionadas por Sebastião José de Carvalho e Melo e Frei Manuel do Cenáculo.
Para além da traça arquitetónica de Joaquim de Oliveira, reúne-se nesta Igreja um magnífico conjunto de artes decorativas tanto do início como do final do barroco, como a talha dourada que reveste as capelas, a pintura de Marcos da Cruz, a azulejaria policromada seiscentista, e também de autoria do mestre António de Oliveira Bernardes, e o belíssimo órgão de tubos datado de 1731.
Após a extinção das ordens religiosas em 1834, no edifício conventual são instalados o Gabinete de História Natural e a Real Academia das Ciências.
Visitas
As visitas à Igreja de Nossa Senhora das Mercês são realizadas para grupos privados sob marcação prévia.